Me autocontesto, en esta pagina hay 2 librerias para usar las interrupciones del timer2:
http://www.pjrc.com/teensy/td_libs_MsTimer2.html
yo he usado el Flexitimer2, es un zip con la libreria y trae un ejemplo sencillo, y funciona (solo he probado esta)
recordar que en la "funcion" de la interrupcion debeis usar codigo rapido y cortito (dependiendo de la frecuencia de la interrupcion y de lo pesado del codigo podeis porbocar un desbordamiento de pila y se colgara).
Ademas las variables que querais manejar en la interrupcion debeis declararlas generales (arriba del todo, fuera de cualquier funcion) y ademas añadiendo delante "volatile", ejemplo:
"volatile int contador;" declaramos la variable "contador" de tipo entero "int" y "volatile" que la hace accesible desde la interrupcion.
Recordar ademas que la IDE de arduino internamente usa los timers para generar de forma facil cosas que no lo son, por ejemplo los "analogwrite" son en realidad las salidas Pwm que usan el timer2 para hacerlas funcionar, ES DECIR SI USAIS LA LIBRERIA FLEXITIMER2 ESTA SE APODERA DEL TIMER2 PARA PODER PROPORCIONAROS INTERRUPCIONES DE TIEMPO EXACTAS, A CAMBIO PERDEIS LA FUNCION ANALOGWRITE QUE TAMBIEN USA EL TIMER2.
El timer0 y el timer1 por lo visto lo utiliza para otras cosas como SoftwareSerial etc...
En conclusion la IDE de Arduino pone al alcance de todos la programacion sencilla de los arduinos pero perdemos el control a bajo nivel del hardware (vease lo explicado de los timers). Entiendo que es mucho mas sencillo claro pero yo al menos no se programar micros sin utilizar los timers 
Es decir cuando programas tu a bajo nivel puedo llegar a exprimir dos o tres utilidades del mismo timer (ejemplo leer teclado de matriz y manejar un display de 7 seg).
OJO pero eso si programado a bajo nivel interpretar un teclado matricial con su rutina antirebote (cuando pulsamos fisicamente un pulsador se producen miles rebotes y hay que filtrarlos para no sumar falsas pulsaciones) y manejar un display 7 segmentos de 4 digitos directamente sin harware adicional, se puede, pero a mi me salia la ultima vez unos 3 folios de codigo.
Aqui en arduino lo haces con 2 librerias instaladas y 4 lineas de codigo.
Lo dicho es muy comodo pero pierdes cierto control
PD: proximo capitulo el watchdog. 