Matriz NxN

Si tengo una matriz de 5x3 el arduino en que orden me lee estos datos?

me leería todos valores de la primer columna pasando a la segunda columna y asi o me leeria los valores de la primer fila, luego la segunda fila y asi sucesivamente.

por ejemplo teniendo esta matriz:

int matriz[5][3]={{1,2,3},{4,5,6},{7,8,9}{10,11,12},{13,14,15}

si se realiza la lectura me leería los valores asi?:
1
4
7
10
13
2
5
8

o me los leería:
1
2
3
4
5
6..

Si te refieres al orden en el que se almacenan en memoria, sería el mismo en el que aparecen en tu declaración si le quitáramos las llaves; es decir, la segunda opción.
Puedes comprobarlo con un programa tal que así:

void setup()
{
	int matriz[5][3]={{1,2,3},{4,5,6},{7,8,9},{10,11,12},{13,14,15}};
	int *pMatriz=(int*) matriz;
	Serial.begin(9600);
	for (int i=0; i< 15; i++) {
		Serial.println(pMatriz[i]);
	}
}

void loop()
{
}

la duda es porque lo que quiero es crear una matriz de 4 variables, la estoy utilizando para caracterizar un sensor RGB y este me entrega valores (Red, Green, Blue, Clear) por cada lectura que realiza, por ejemplo, el sensor me lee un colorx me genera 4 valores este colorx

colorx=(r=500 g=290, b=400, c=140) , entonces lo que quiero es generar muchos colores, al menos unos 10 en la matriz. como lo hago?

Como un conjunto de conjuntos. El orden en que se declaren los elementos, así se referenciarán en el índice:

int colores [][] = {
{r, g, b, c}, {r, g, b, c}
};

PD: ¿no será más bien que lo que sea que utilize dichos colores, maneja la paleta de 32 bits RGBA (A de "Alpha" o transparencia)?
Si la intensidad de cada "canal" no sobrepasa los 255, el tipo de dato debería ser byte.

En un entorno de escasa memoria RAM, cada byte cuenta. De hecho, si la tabla de colores se torna muy grande, deberías considerar almacenarla en memoria del programa mediante la palabra PROGMEM.

El sensor que estoy utilizando es el TCS34725, este es el datasheet,https://cdn-shop.adafruit.com/datasheets/TCS34725.pdf, es un sensor que pr medio de conversores analogo-digital en las 4 variables (Red, Green, Blue, Clear) me entrega 16 bits por cada variable,

"Los cuatro ADCs integradores simultáneamente convierte las corrientes de fotodiodo amplificadas en un valor digital de 16 bits."

Tiene un registro de temporización que según como se configure su tiempo realiza los ciclos de integración y define un conteo máximo como lo indica la página 16 del datasheet. es decir el conteo por variable me puede llegar a 1024 con un tiempo configurado de 2,4 segundos, 10240 con tiempo de 24ms y asi sucesivamente según el datasheet.

entonces por ejemplo el puerto serial al colocarle un colorx sobre el sensor me entrega valores en las 4 variables (r,g,b,c) que van desde 0- al conteo max según la configuración del tiempo y me permite realizar una ganancia en los valores x4 x16 y otras mas según lo necesite.

Entonces por ejemplo para un color rojo yo tengo estos valores con un tiempo de 101ms y x4 de ganancia:

ROJO1
R:	1876	G:	1535	B:	1495	C:	5115

Entonces otro color me va generar las mismas 4 variables y asi sucesivamente, lo que quiero es poder ingresarlos todos en una matriz, al menos 10 colores con 4 variables cada uno y luego comparar los valores entre dos sensores si son iguales los colores que lee o diferentes

Ah entonces no es para un display gráfico o de LEDs RGB.

Bueno pues... ¿lo que quieres es verificar es cuando los registros cambian de valor por cambio en el color sensado, o cuando cambian por lectura nueva?

En ambos casos, creo que el integrado ofrece un sistema de IRQ para indiciar con más facilidad cuando es que realmente ha ocurrido un cambio. Hay dos formas de que mande la señal de interrupción: en cada integración de RGBC o cuando las lecturas de algunos de estos canales sobrepasen un umbral establecido (si no me equivoco, este umbral es relativo a los valores almacenados en la última interrupción).

El registro del que hablas no estoy seguro si también retrasará la interrupción por nueva integración (y si afectará también la interrupción por variación), pero veo que convierte los registros de los colores en acumuladores durante cierta cantidad de veces. ¿Qué utilidad tiene eso?