Hallo!
Hat jemand mal den USB-Chip, der ja an sich ein kleiner Leonardo ist, mit dem ArduinoISP-sketch beladen und die Pinne verbunden (MISO, MOSI, SCK, Pin-X an Reset vom 2560) ?
Also, ich habe kein Eagle greifbar und weiß nicht, welchen Aufwand es darstellte...
Aber benutzt habe ich das öfter, und man kann es dann auch schön in AtmelStudio6 einbinden, siehe
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=123267.0
und
http://www.engblaze.com/tutorial-using-atmel-studio-6-with-arduino-projects/
Dann kann ich zwar nicht debuggen, den 2560 aber ohne Bootloader programmieren.
Achtung bug in AS6: das Studio hat im Dialog / dem Aufruf "external Tools" seine Pfade sonst wo, aber nicht in dem Verzeichnis, wo man per "inital directory" gesagt hat, er solle da cd hin machen vor Aufruf des externen Befehls, hat ein Mitarbeiter in einem youtube-Tutorial gesagt, so lapidar nebenbei, was mich einige Stunden gekostet hat... Und einige Updates am Studio haben da ran auch nix geändert. Deswegen zickte da schon öfter was im Studio.
Also absoluter Pfad zum Programmier-Befehl, der ein simples Batch sein kann nach Windows-Standards. Oder jedes andere Skript, was man halt beherrscht.
Unter Windows .bat ist die Rettung eine Variable, die den Pfad zum gerade ausgeführten .bat selber beinhaltet, dann habe ich avrdude einfach noch mal ins selbe Verzeichnis und fertig.
%~dp0 oder so hat schon \ am Ende mit drinne.
Das braucht man für den micro/leaonardo, um den per bootloader direkt zu programmieren, wenn kein Reset-Knopf gedrückt werden soll zum passenden Zeitpunkt. Automatisch reset geht mit einer "Fehlkommunikation" mit Baudrate 1200, die dann mit Timeout nach einer Sekunde abgebrochen wird.
Ins bat kommt dann einmal avrdude mit Baudrate 1200, dann irgendein wait bzw. waitfor, dann der eigentliche Programmierbefehl mit allen Argumenten %*%.
Die "Argumente" im Dialog "external command" im Studio bekommt man von Arduino, wenn man beim Programmieren avrdude "verbose" berichten lässt, gibt es ein Häkchen in den Optionen der Arduino-Oberfläche für.
Viel Erfolg!
Gruß
Andi
batch so in etwa
rem Open AtmelStudio -> Tools -> External Commands -> New (name it 32U4 micro pro DEBUG for example)
rem _COMMAND example: this bat file (please adapt paths to your place of 
rem C:\Program Files (x86)\Atmel\AVRdude\arduino_32u4.bat
rem _ARGUMENTS:(please look up COM port Win assigned to your Arduino Board, Win-E->SystemProperties->DeviceManager
rem -patmega32u4 -cavr109 -PCOM5 -b57600 -D -Uflash:w:"$(ProjectDir)\Debug$(ItemFileName).hex":i
"%~dp0avrdude.exe" -patmega32u4 -cavr109 %1% -b1200 -n
"%~dp0\avrdude.exe" %*%