Programar Arduino Mega sin Arduino Soft

Buenos días, Les quería hacer una consulta.

Hay manera de actualizar el firmware, de un Arduino Mega 2560, pero sin el Arduino instalado?
Quería saber si había alguna herramienta aun mas sencilla que la de Arduino. De forma de poder compilar los source code en un .hex o similar y que esta aplicación le cargue el firmware al Arduino.

Es posible o estoy diciendo pavadas?

Gracias de antemano.

Objetivo, para que quieres eso? Lo quieres programar como ATmega2560 que es?