Programar los Timer del Atmega de arduino. Encoder incremental

Hola. Soy nuevo en el foro, aunque llevo tiempo consultandolo.

Actualmente me encuentro programando un Arduino Uno para que simule el funcionamiento de un encoder incremental.

Para ello, voy a usar el Timer 1, pero me asaltan un par de dudas.

A la hora de configurar el Timer en los registros, una vez configuro el registro TCCR1B con la sentencia:

TCCR1B=0x01;

El Timer se arranca inmediatamente? Hay alguna manera de arrancarlo mediante software?

He observado tambien que puedo escribir en los registros TCCR1A TCCR1B y TCCR1C, pero no puedo escribir en el registro TIFR1 en el cual se encuentra el bit de sobrepasamiento que no consigo ver que se ponga a uno. Me preguntaba si no esta permitido escribir en ese registro y si podria escribir directamente en el Bit de Sobrepasamiento que se encuentra en ese registro y es el TOV1.

Muchas gracias de antemano.