Lo primero presentarme, soy Jose, estudio ingeniería electrónica en la Universidad Politecnica de Valencia y estoy comenzando un proyecto con arduino.
El proyecto consiste en almacenar los datos proporcionados por el GPS EM-506 y MPU6050 en una targeta SD.
Añadir que es la primera vez que utilizo este sistema y soy novato en todo, programación etc. Pero con muchas ganas!! 
Los componentes que tengo son:
1.-Arduino Mega 2530
2.-GPS EM-506
3.-Acelerometro MPU6050
4.-GPS Shield GPS Shield para Arduino Sparkfun GPS-13750 | BricoGeek.com
5.-Micro SD board
He comenzado intentando configurar el GPS, y no he conseguido mucho. He visto este post de un compañero [SOLUCIONADO] Elección de GPS - Hardware - Arduino Forum pero habla de modificar las librerias y no se ni que he de modificar, ni como.
Agradezco mucho vuestra ayuda!! un saludo.
Hola morenox. Ya te envié un privado respecto de algunas faltas cometidas.
Te recomiendo que vayas a Documentación y que mires los tutoriales allí presentados.
Los dos primeros son muy recomendables.
Luego hay buena selección de las mejores publicaciones (libros) desde novatos hasta avanzados.
Eso para comenzar.
También en Google encontrarás infinidad de tutoriales y en Youtube explicaciones de todo tipo.
Como siempre digo, TODO ESTA EN INTERNET. Si preguntas es porque no buscaste.
Pero acá no se niega la ayuda.
Vamos a tu proyecto.
Para comenzar tienes un MEGA. El mega tiene 4 puertos (también es importante que sepas que hardware tienes como futuro ingeniero electrónico es un paso básico).
Entonces respecto de ese ejemplo que citas Comunicación con GPS acá no tienes que usar SoftwareSerial porque este Arduino tiene 4 puertos y el UNO tiene solo uno. Por eso genera condos pines un puerto Serie VIRTUAL usando SoftwareSerial.
Cuando uses un puerto en el MEGA el puerto 0 se llama Serial, el 1 Serial1, el 2 Serial 2 y el 3 Serial3.
Si usas el 0 o Serial, que esta conectado al Monitor Serie, también debes inicializar el 1 para comunicarte con el GPS.
Asi que esos cambios debes hacer.
No recordaba pero si miras el post #10 de ese tema que indicas, yo justamente pongo un código para un MEGA, usalo tal como lo puse.
NOTA: Ves como se ven los códigos? Asi deben postearse cuando tu tengas que hacerlo. Lo mismo con enlaces e imágenes. Ya te lo indiqué por privado.