Hallo zusammen,
also das Problem hat sich mittels externem USB Serial Converter lösen lassen. Wird bei diesem der Com Port geöffnet gibt es die zwei Spannungsimpulse nicht und alles funktioniert ordnungsgemäß.
Delay in der Setup() Routine hat leider nichts bewirkt. Es scheint also so, als würde der UNO auch ohne Autorest noch etwas auf der RX Leitung machen. Die Sauberste Lösung für eine USB Serial Verbindung ist einfach ein externer Baustein.