Das ist alles sehr auffällig. Ein (AVR) Sketch kann (ausser mit einem Trick ) den Flashspeicher nie überschreiben.
Wenn du den Bootloader neu schreibst, entfernst du nachher den Programmer oder lasst du es verbunden mit dem Mega ?
Wenn du den Sketch hochladest, machst du es direkt über den Mega USB Port oder benutzt du doch den noch verbundenen Programmer ?
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