Weil bei dir keine ISR zwischendurch die Register befummelt.
Die AVR Timer sind etwas, naja, hakelig.
z.B. beim beschreiben des CNT Registers kann ohne anhalten des Timers durchaus ein Missgeschick passieren, so das hinterher nicht das da drin steht, was du dir erwünscht hast.
Am Rande:
Ugly Timer Trap: CTC - Timer 2 - TCCR2A - gezielter Reset notwendig - Warum? - #24 by combie
Gilt übrigens für alle AVR Timer mit Schattenregister
Es macht also schon Sinn eine gewisse Reihenfolge beim Beschreiben einzuhalten.
Ist nicht in jeder Situation erforderlich, aber schadet nicht, wenn man es generell tut
So auch der ATOMIC Block. Muss nicht unbedingt, kann man aber machen.