Donde esta el código ? edita tu mensaje poniendo el código entre etiquetas code
Arduino Mega tiene 4 puertos series, porque justo quieres usar el mismo que el USB ? tendrás conflicto si algo esta conectado alli mientras cargas el boceto.
Según entiendo de tu consulta tu estas cerrado a puerto serie ? quizas es por eso que nadie te contesto porque para conectar 2 Arduinos lo lógico es usar el bus I2C usando los pines 20 y 21.