Bestimmt für euch Profis kein grosses Ding, aber ich bin am verzweifeln:
Ich habe (nicht änderbar, vorhandene Hardware):
ATmega 644P mit angeschlossener RS232 (RX, TX, Gnd) und ISP Anschluss.
Auf der Datenportseite sind einige Latches (HTC374) an PortC angeschlossen, Getriggert über Clk und OC von div. Portleitungen (PBx und PDx).
Ich kann über den AVRISPmkII Binärfiles auf den uP programmieren. Habe auch schon erfolgreich den Bootloader auf den 644 gebracht, wird aber (wahrscheinlich) mangels Hardwareverbindungen und nicht vorhandenen Leitungen der Seriellen Schnittstelle von Arduino IDE erkannt.
Wie kann ich aus der IDE einen Arduino Sketch per AVRISPmkII auf den 644 bringen?
IDE 1.8.17: "Menü/Sketch/Hochladen mit Programmer" oder
So was Altes bietet man doch keinen mehr an. Es sollte wenigstens die 1.8.19 sein, da alle davor durch den log4j-Bug angreifbar sind.
Gruß Tommy
Man nimmt was man kriegen kann 
Wenn Du Dir unbedingt ein Ei in den Rechner legen willst, ist das Dein Problem. Schlage so etwas aber bitte nicht unbedarften Usern vor.
Gruß Tommy
Wenn Du hier Posten kannst, kannst auch die 1.8.19 runterladen, bzw. installieren
Ich kann mich zwar nicht erinnern, irgend jemandem vorgeschlagen zu haben 1.8.17 zu installiern, aber ihr werdet das ja besser wissen.
Oder ist der Menüpunkt unter 1.8.19 wo anders? Fragen über Fragen ...
Wenn Du RX/TX nach aussen geführt hast UND den Bootloader auf den atmega bekommen hast, dann:
Du besorgst Dir einen USB-Serial-Adapter.
Die Dinger gibt es für weniger als einen Apfel.
Dann nimmst Du die IDE, die Du bisher verwendest und stellst den COM-Port ein, auf dem der USB-Adapter installiert ist. (ggfls. Treiber vorher im Betriebssystem installieren)
Damit bist Du in der Lage jederzeit ganz normal einen Sketch auf den Atmega zu laden.
Mit einer Hürde: Du musst den Bootloader auslösen.
Der wird einmal beim starten ausgeführt.
Entweder durch anlegen der (Betriebs-)Spannung oder einen (Hardware-)Reset.
Hat Deinen Schaltung einen RESET-Button, ist es recht einfach.
Die RESET-TASTE drücken und gedrückt halten.
In der IDE einfach das normaler hochladen starten.
Wenn der avrdude gestartet wird, lässt Du den RESET-Button los.
Es braucht manchmal mehrere Versuche, bis das klappt.
Wenn Du einmal das Timing raus hast, dann wirst Du grinsen über diese Anleitung 
Ein kompilierter Sketch wäre i.Ü. ein HEX-File, welches dann nur mit dem avrdude via ISP auf den Controller kommt.
Dazu braucht es den Bootloader nicht
Beste Programmierwünsche!
Danke für die Anleitung!
Hab' noch vergessen zu erwähnen, ich hab die 1.8.9 (letzte vor der 2.x) IDE am Rechner.
Nach aussen gefürist der ISP - Stecker, insofern kann ich den Reset mit minimalem Aufwand betätigen.
Ich möchte aber vermeiden, dass ich den IAVRSP - Programmer zur Hand haben muss.
Ich versuch's auf jeden Fall mal nach der Anleitung.
Danke dafür!
Ich habe #2 so verstanden.
Gruß Tommy