Comparador analogo desactiva todos los pines analogos

Buenas tardes,

Necesito hacer una interrupción que se active cuando el pin A3 del arduino UNO iguale o supere los 5V del pin digital 6 (este pin estara siempre con 5V de entrada), estuve investigando y di con este codigo de un sitio web:

void setup () {

	DDRD |= (1<<PD4);
        DIDR1 |= (1<<AIN0D); // Disable Digital Inputs at AIN0 and AIN1
	ADCSRA &= ~(1<<ADEN);
        ADCSRB |= (1<<ACME);	//Set ACME bit in ADCSRB to use external analog input at AIN1 -ve input
	ADMUX = 0x03; //select A3 as input 
	ACSR = 
	(0 << ACD) |    // Analog Comparator: Enabled
	(0 << ACBG) |   // Clear ACBG to use external input to AIN0 +ve input
	(0 << ACO) |    // Analog Comparator Output: OFF
	(1 << ACI) |    // Analog Comparator Interrupt Flag: Clear Pending Interrupt by setting the bit
	(0 << ACIE) |   // Analog Comparator Interrupt: Disabled 
	(0 << ACIC) |   // Analog Comparator Input Capture: Disabled
	(0 << ACIS1) | (0 << ACIS0);   // Analog Comparator Interrupt Mode: Comparator Interrupt on Output Toggle
}

void loop() {

	if (ACSR & (1<<ACO))
		PORTD |= (1<<PD4);
	else
		PORTD &= ~(1<<PD4);
	
}

Using Analog Input as Analog Comparator Input of Arduino | ee-diary

Ahora bien, el codigo funciona, cuando el pin analogo 3 llega a 5V o más ejecuta la interrupción, el problema que tengo ahora es que me desactiva el conversor analogo digital de todos los pines, no puedo leer los datos de los demas pines analogos, me marca cero siempre, por enden no puedo hacer uso de los sensores, me podrian dar una idea de como solucionar eso? Gracias, quedo atento.

¿QUE QUIERO HACER?
Necesito hacer una interrupcion (que no se encuentre en el loop principal) donde este revisando constantemente el voltaje de un pin analogo, y cuando sea mayor o igual a 5V ejecute la funcion de la interrupcion (prender un led o cualquier otra cosa).

Creo que explicas mal el problema.
Qué quieres hacer?
No nos expliques este esto mismo.
Dinos qué quieres hacer realmente, cual es el objetivo.

Necesito hacer una interrupcion (que no se encuentre en el loop principal) donde este revisando constantemente el voltaje de un pin analogo, y cuando sea mayor o igual a 5V ejecute la funcion de la interrupcion (prender un led o cualquier otra cosa). ¿Se entiende?.

Gracias por responder.

Cuando sea igual porque si es mayor se destruye la entrada analógica.

Un pin digital solo puede tener 2 estados válidos, bajo o alto que por lo general son GND y Vcc, respectivamente, pero no necesariamente.
No veo como puedes comparar el valor de ambos pines.
Por otro lado, vas a comparar la entrada analógica con un valor conocido (teóricamente 5V) no veo en qué interviene aquí el pin digital.

Lógicamente al poner el único ADC en modo comparador se van a perder las entradas analógicas restantes. Tal vez podrías resolverlo con un conversor externo como el AD1115 que te maneje los sensores. También podrías usarlo en modo comparador pero no recuerdo si puede generar interrupciones, habría que revisar su hoja de datos.

Esto es la descripción de COMO lo quieres hacer no de lo que quieres hacer.

Lo que quieres hacer sería , tengo una sensor que entrega tensión y siempre esta ... y entonces cuando pasa esto quiero hacer tal cosa.

No quiero calificar lo que planteas porque me dirás, "ehhh como me dices eso" pero como ya te dijo @MaximoEsfuerzo y visto que mi respuesta donde decía exactametne lo mismo no se posteó te pregunto, que hay mayor a 5V en un Arduino de 5V que tiene una tensión Vref de 5V por defecto?
Te respondo: NADA
Entonces no puedes interrumpir nada porque no hay nada para comparar, por eso te pido que plantees lo que quieres hacer no como lo quieres hacer.