Pues ahora si que me he acabado de liar... no acabo de ver claro lo de 1 señal digital para controlar el sentido mas una para la velocidad.
Los componentes que tengo son estos:
Kit Tamiya: http://www.sparkfun.com/commerce/product_info.php?products_id=319
H-Bridge: H-Bridge Motor Driver 1A - COM-00315 - SparkFun Electronics
He leido en multiples sitios que lo mejor es separar la alimentacion del arduino de la alimentacion del motor, para evitar problemas de reseteos y/o quemaduras del arduino debido a los efectos del motor en el circuito. Por tanto, entendia que la alimentacion del motor (via h-bridge) tenia que ser constante y venir de una fuente externa (pila 9v de petaca, por ejemplo), y pasar la alimentacion de 5V del arduino para la logica del h-bridge + tierra tambien del arduino.
Contaba con que el resto de patillas eran las que controlaban la logica (mas los outputs), es decir: contaba con una señal digita para los Enable, los outputs conectados a los bornes del motor y las "A" (A0,1,2,3 que se mapean a Y0,1,2,3 que van a los bornes del motor) conectadas a PWM para poder controlar la velocidad y el sentido.
Haciendolo "tal cual", se necesitan -si mi teoria era cierta- cuatro salidas PWM del arduino (solo tengo tres). Entiendo que esto es posible y que el hecho de aplicar PWM a las señales de control en lugar de a la alimentacion directa que va al motor (que se coge de la pila de 9V) permite igualmente controlar la velocidad (es decir: que utilizar PWM en las señales de control acaba haciendo que estas se activen y desactiven a una frecuencia determinada haciendo que la alimentacion externa de 9V, al final, entre tambien en los bornes del motor en forma de PWM)
Es la unica conexion que veo razonable, porque aplicar PWM directamente a la patilla de alimentacion del H-BRIDGE que acaba en el motor querria decir que (a) el arduino y el motor comparten alimentacion -malo segun he leido- y (b) que la velocidad de giro de los motores vendria determinada por una unica entrada, asi que seria imposible hacerlos girar a velocidades diferentes...
Entiendo que la opcion "correcta" es la primera, no?
Si es esa, como no tengo cuatro PWMs, si quiero controlar la velocidad y sentido de giro con tres, creo que la unica opcion que tengo es echar mano de un multiplexor 4-1 doble que tengo, y montar algun esquema que me permita de/multiplexar un PWM y un GND en dos salidas alternativamente, que irian conectadas a los bornes de un motor. Para el otro podria utilizar dos PWMs tranquilamente.
Bueno, espero que eso ayude a ayudarme 
Saludos,
Jose