Buenos dias, nose bien como realizar esta consulta, creo que se entenderá, puedo enviar y recibir datos por el monitor serial del arduino, y hacer cosas con esos datos, el punto es como podria enviar datos dentro del mismo pc al monitor serial o al puerto com especifico, de modo que algun software lo haga de forma automática y no de forma manual ingresando uno el dato al monitor serial para enviarlo a arduino, quizas alguna referencia de donde buscar, algun libro, etc, aunque me imagino que esto va mas por el lado de algun aplicacion especifica mas que con arduino propiamente tal.
Consulte el Serial input basic tutorial
Eso sí, está en inglés.
Intervenir en la consola de la IDE es medio complicado, necesitarías algún programa que emulando un teclado "teclease" los datos en la consola. ¿Se puede? Si. ¿Es fácil? Para nada (Seguramente un hacker no opinaría igual).
La otra opción es manejar directamente el puerto, puede ser con un programa elaborado o con un simple script que se ejecute, por ej., desde la consola de Windows (CMD o PowerShell), incluso con un simple "copy" se pueden enviar datos cargados en un archivo.
Hay algunos programas emuladores de terminal que permiten enviar archivos pero creo que lo más conveniente es hacer un programa a medida, las opciones son amplias, todos los lenguajes tienen alguna manera de manejar los puertos.
Como anécdota, hace como 2 años ya, hice un pequeño programa en VB6 (sí, tuve que armar una máquina virtual XP para poder instalarlo) para sincronizar el RTC de un proyecto con la PC vía serial. Tuve que desempolvar algunas neuronas pero salió. Jaja
Aparte de un desarrollo a medida, te recomiendo este programa que es gratuito e intuitivo:
Puedes hacer que un botón mande un comando.
Profesionalmente, yo lo uso mucho para hacer pruebas de protocolo etc.
A mi me gusta YAT, me parece muy completa.