DDRD = B11111100; // sets Arduino pins 3 to 7 as outputs, pin 0 as input
pinMode(3, OUTPUT);
Well on the Uno this would be pins 2 to 7, not 3 to 7, but on the Mega the port/pin mapping
is utterly different, and portD covers arduino pins 21,20,19,18 and 38.
Look at pins_arduino.h for the mega variant in the sources and you'll see something like:
const uint8_t PROGMEM digital_pin_to_port_PGM[] = {
// PORTLIST
// -------------------------------------------
PE , // PE 0 ** 0 ** USART0_RX
PE , // PE 1 ** 1 ** USART0_TX
PE , // PE 4 ** 2 ** PWM2
PE , // PE 5 ** 3 ** PWM3
PG , // PG 5 ** 4 ** PWM4
PE , // PE 3 ** 5 ** PWM5
PH , // PH 3 ** 6 ** PWM6
PH , // PH 4 ** 7 ** PWM7
PH , // PH 5 ** 8 ** PWM8
PH , // PH 6 ** 9 ** PWM9
PB , // PB 4 ** 10 ** PWM10
PB , // PB 5 ** 11 ** PWM11
PB , // PB 6 ** 12 ** PWM12
PB , // PB 7 ** 13 ** PWM13
PJ , // PJ 1 ** 14 ** USART3_TX
PJ , // PJ 0 ** 15 ** USART3_RX
PH , // PH 1 ** 16 ** USART2_TX
PH , // PH 0 ** 17 ** USART2_RX
PD , // PD 3 ** 18 ** USART1_TX
PD , // PD 2 ** 19 ** USART1_RX
PD , // PD 1 ** 20 ** I2C_SDA
PD , // PD 0 ** 21 ** I2C_SCL
PA , // PA 0 ** 22 ** D22
PA , // PA 1 ** 23 ** D23
PA , // PA 2 ** 24 ** D24
PA , // PA 3 ** 25 ** D25
PA , // PA 4 ** 26 ** D26
PA , // PA 5 ** 27 ** D27
PA , // PA 6 ** 28 ** D28
PA , // PA 7 ** 29 ** D29
PC , // PC 7 ** 30 ** D30
PC , // PC 6 ** 31 ** D31
PC , // PC 5 ** 32 ** D32
PC , // PC 4 ** 33 ** D33
PC , // PC 3 ** 34 ** D34
PC , // PC 2 ** 35 ** D35
PC , // PC 1 ** 36 ** D36
PC , // PC 0 ** 37 ** D37
PD , // PD 7 ** 38 ** D38
PG , // PG 2 ** 39 ** D39
PG , // PG 1 ** 40 ** D40
PG , // PG 0 ** 41 ** D41
PL , // PL 7 ** 42 ** D42
PL , // PL 6 ** 43 ** D43
PL , // PL 5 ** 44 ** D44
PL , // PL 4 ** 45 ** D45
PL , // PL 3 ** 46 ** D46
PL , // PL 2 ** 47 ** D47
PL , // PL 1 ** 48 ** D48
PL , // PL 0 ** 49 ** D49
PB , // PB 3 ** 50 ** SPI_MISO
PB , // PB 2 ** 51 ** SPI_MOSI
PB , // PB 1 ** 52 ** SPI_SCK
PB , // PB 0 ** 53 ** SPI_SS
PF , // PF 0 ** 54 ** A0
PF , // PF 1 ** 55 ** A1
PF , // PF 2 ** 56 ** A2
PF , // PF 3 ** 57 ** A3
PF , // PF 4 ** 58 ** A4
PF , // PF 5 ** 59 ** A5
PF , // PF 6 ** 60 ** A6
PF , // PF 7 ** 61 ** A7
PK , // PK 0 ** 62 ** A8
PK , // PK 1 ** 63 ** A9
PK , // PK 2 ** 64 ** A10
PK , // PK 3 ** 65 ** A11
PK , // PK 4 ** 66 ** A12
PK , // PK 5 ** 67 ** A13
PK , // PK 6 ** 68 ** A14
PK , // PK 7 ** 69 ** A15
};
So you'll see the pin mapping for low numbered arduino pins is all over the place. You would do
better to use portA, which maps to pins 22 to 29 contiguously. Several other ports map to contiguous
ranges of pins too.