Davide1203:
Volevo partire da un progetto semplice ma visto che avete già introdotto le parti complesse ho deciso di ripartire da zero, ho rivalutato tutto anche secondo le indicazioni che mi avete dato e ora vi spiegherò tutto il progetto.
Ok, bene!
Mi piace che tu sia metodico!
1 uscita midi/RJ45 per collegarsi al looper;
3 uscite midi per controllare dei pedali particolari che hanno questa funzione(se possibile).
Un attimo, chi ha parlato di MIDI?
Comunque si, si può fare tanto più che useresti una MEGA che ha le sue uscite seriali "fisiche" ossia con relativi UART. Ma pensaci per la versione 1.1.. 
I dati dei preset li vorrei salvare dentro alla EEPROM di arduino.Per le impostazioni di arduino creerei un'interfaccia grafica creando una specie di App per windows (riesco da solo, spero...)
Ok, ma non ho capito bene, l'interfaccia grafica cosa dovrebbe fare? Io ti avevo suggerito questo ma per scrivere un file dentro ad una SD card che una volta inserita nel looper ne definisce le impostazioni/preset: se fai così non hai bisogno della EEPROM, che comunque oltre ad essere limitata come estensione e come numero di scritture, va impostata e per farlo dovresti prevedere nel tuo sketch anche un opportuno protocollo che il PC gestisce tramite la seriale. Insomma, anche se capisco che sarebbe più carino poter programmare via USB il looper, non mi pare ne valga la pena implementare questa cosa, io almeno nella versione 1 resterei sulla scheda SD.
Ho abbandonato l'idea dei relé perché se il rumore meccanico è fastidioso con 500W... ecco io suono in un impianto da 2000W...
Immagino. Ma comunque il mio è un timore più che una certezza,magari puoi fare una prova con un solo relè (tanto i "cinesi" costano due lire) e vedere cosa succede.
Arduino mega (controllato dall'Uno della pedaliera);
Quindi hai scelto come farli comunicare tra loro?
EDIT Una connessione via cavo sarebbe la cosa migliore, ma devi mettere in conto un sistema "robusto" per cavi lunghi almeno 5-6 metri, per dire forse andrebbe bene una RS485 (e relativo circuito driver, non puoi farlo con la sola UART di Arduino che è TTL). Altrimenti se comunque parliamo di pochi metri, potrebbe bastare WiFi (la base configurata come Access Point ed il satellite che si connette come client) o forse più semplicemente in Bluetooth. Anche in questo caso, io proverei prima a sperimentare la connessione con un bluetooth che forse è il giusto compromesso tra efficienza e costo.
Passiamo alle domande 
è possibile salvare i dati nella EEPROM di Arduino?
Si. Ma come detto, non è molto grande (sul Mega sono 4k byte, comunque penso bastino) e ci sono alcune limitazioni relative all'affidabilità se svengono scritte molte volte. Quindi direi di si, che si possa fare, ma vale il discorso di sopra della scheda SD... 
lcd o 7 segmenti?
Se metti l'LCD hai la possibilità di mostrare più informazioni, il 7 segmenti è invece più visibile/leggibile ma è più "seccante" da gestire. Diciamo che se hai almeno i LED per le cose principali, va bene pure l'LCD, almeno nella versione 1.0 
Vorrei un canale "mute" in cui tutto è staccato in modo da poter cambiare la chitarra
Un relè in più per chiudere l'output dovrebbe bastare (anche qui stesso discorso, con relè a stato solido mi sento più tranquillo ma non è detto che non vadano bene pure quelli "normali").
Forse oltre ad isolare l'uscita della catena ti converrebbe mettere il segnale a massa per evitare "ronzii". Ma come sempre, ti consiglio di sperimentare prima "in piccolo".
Il primo effetto che ho sarà solo l'amplificatore quindi il segnale deve saltare tutti i loop senza essere interrotto, come dovrei fare?
Tu niente, se tutti i loop sono disattivati il segnale passa direttamente in uscita (vedi lo schemino di massima che ti ho postato nel precedente).
Vorrei un canale per l'accordatore (in questo caso basta che il segnale entri senza uscire; è diverso dal "mute")
Se per l'accordatore ti basta solo l'ingresso lo metti come una uscita in parallelo all'ingresso chitarra, altrimenti mi sa che fai prima a mettere chitarra sull'accordatore e questo in ingresso al looper (tanto è l'accordatore che in genere mette "mute" la sua uscita)
Sia il segnale che entra sia quello che esce deve passare nello stato solido (relé nella "vecchia versione")?
Guarda lo schemino precedente...
Vorrei decidere se fare uscire il suono dagli 8 loop e andare all'amplificatore oppure se entrare in una "red box". La red box è un pedale come tutti gli altri ma deve sempre stare attiva se decido di usarla quindi è come un "nono loop" ma permanente (la software lo gestisco ancora io, mi riferisco solo al lato hardware)
Qui mi sono perso, da tastierista so che voi chitarristi siete sempre "complicati"
ma se ci fai uno schizzo anche a penna magari capiamo meglio. In ogni caso ci penserei dopo aver fatto la versione 1.0... 