Gli #include erano praticamente locali al singolo file. Se ad esempio sviluppavi un modulo che includeva Wire.h per parlare con un sensore in I2C, dallo sketch principale dovevi includere di nuovo Wire.h oltre al tuo modulo. Questo meccanismo ti faceva rapidamente impazzire se ovviamente venivano usare più librerie.
Non ho mai usato Teensy V1, ma non basta il pacchetto Teensyduino? Perché quello si installa senza problemi anche sulla 1.6.12 (sulla 13 non ho ancora provato).
La 1.5/1.6 salva e scarica le sue cose in ~/.arduino15, diversamente dalla 1.0 (~/.arduino), quindi non ci saranno conflitti. Occhio solo alla cartella degli sketch, nel caso in cui installi librerie/core aggiornati, visto che finaranno lì.