Trovato un 'workaround' se così si può definire...
Dicevo sopra che lavoro su un notebook Asus con doppia scheda grafica, Intel + Nvidia.
per gestirle uso bumblebee, che lascia all'utente l'opzione di poter caricare qualcosa usando Nvidia, altrimenti di default usa Intel.
Ebbene con Intel ho il suddetto crash del server grafico (non ho idea del perchè..), mentre provando a caricare arduino-1.6.0 tramite Optirun (usando quindi Nvidia) fila tutto liscio e non crasha!
Non ho purtroppo il tempo per indagare oltre, però magari può essere d'aiuto o spunto per qualcun altro.
Grazie, Davide.
EDIT: (spero l'ultimo, poi non rompo più..)
e non funziona se nel lanciatore aggiungo optirun all'inizio e basta, ma solo se lo faccio partire con:
optirun bash
e poi lancio da qui arduino..
divertente, no?