Bon, j'ai finalement trouve la solution. Le probleme n'etait pas dans l'arduino mais dans l'application qui communique avec.
Dans mon application C#:
SerialPort PulseComPort;
...
PulseComPort.Open();
PulseComPort.DtrEnable = true;
Thread.Sleep(150);
Apres l'ouverture du port, on doit faire un enable du DTR et, non moins important, attendre un certain delai avant d'envoyer un message.
Ca marche!
J'en deduis que le Moniteur Serie le fait et pas le terminal Termite.
Merci encore