Hi,
El regulador del Arduino solo puede suplir 1 amperio a un voltaje max. de 12 voltios. El problem es que el regulador no tiene suficiente heatsink para disipar el calor cuando usa 12 voltios 1 amperio. Segundo cuando usas inductores como los servomotores la carriente puede exceder las especificaciones del regulador cuando los energizas especialmente cuando usas 3 servomotores. Debes usar una energia externa para suplir el voltaje de los servomotores y por eso se estan quemando las tarjetas de Arduino. Posiblemente la que esta pasando es que el diode que esta despues de la coneccion Vin se estan quemando. Pueba con unn voltimetro el voltaje en la coneccion que esta mas cerca del Vin y lee el voltaje. Debe de leer al voltaje del Vin. Luego lee el voltaje al otro lado de la coneccion del diodo y debes leer al mismo voltaje. Sino lee voltaje el diodo esta abierto. Remplazalo. Para mi el voltaje de Vin debe ser cerca de los 9 voltios. No mas no menos.