Ciao 
Sto usando un arduino (328 con bootloader 2009) su breadboard da qualche giorno e poco fa ha smesso di funzionare, pensavo di aver scassato l'atmega così ho preso l'arduino originale e ho provato a flashare l'atmega con il bootloader della uno.
Per flashare ho dovuto cambiare la signature in avrdude.conf, ho provato e il chip s'è flashato.
Ho rimesso tutto come prima e ho provato a riupparci lo sketch ma non va (ho cambiato da 2009 w/328 di prima con la uno) quindi ho riattaccato l'originale(usandolo come ISP), ho uppato lo sketch e lo carica.
Quindi ho pensato fosse la seriale ma ho caricato uno sketch che rimanda indietro quello che riceve, l'ho collegato ad un adattatore usb/seriale e funziona...
In pratica si programma solo via ISP anche se la seriale funziona...
Che può essere ?
Ora va ma non ho toccato niente...
Falsi contatti? A volte con la breadboard capita.
Non so, ho provato a staccare e riattaccare tutto all'inizio ma non andava cmq poi l'ho lasciato lì, quando ho riprovato s'è messo ad andare 
Vabbè già che ci sono cambio il bootloader agli altri 2 >_>