Como cambiar donde se guarda el fichero compilado

Se puede hacer que el fichero de salida de la compilación se guarde en la misma carpeta donde esta el fuente, y que sea la propia del proyecto, no una para todos los proyectos?
Se que se puede modificar el fichero de configuración para cambiar la carpeta de salida del compilador, de hecho ya lo hice. Pero no funciona como quiero porque lo que quiero es que con cada proyecto el fichero de salida de compilación se guarde en una carpeta distinta, si es posible dentro de la carpeta donde esta el fuente.
Uso simulaciones con dos arduinos y si tengo que recompilar los dos fuentes siempre se me pierde el que usa uno de ellos, asi que tengo que andar cambiándolo de carpeta para que el simulador lo encuentre, porque al compilar el segundo se me borra el anterior.
Gracias

usa el Atmel Studio y puedes controlar todo sin problemas.
Con el IDE se puede cambiar el directorio de salida a uno fijo.
Para ello en el IDE si vas a preferencias verás que al final encuentras un archivo con su ruta denominado preferencias.txt
Debes modificarlo pero ahora no recuerdo que debías modificar.
Me fijo y te digo.

Si eso ya lo he hecho, pero siempre es a la misma carpeta fija.
Cada compilación borra la salida del proyecto anterior.
A ver, de donde bajo el Atmel que no sea pagado claro. Hay versión gratis?
Esta en castellano?
Yo uso c++ de Microsoft en versión gratuita. Prefiero el software original que no sea pirata aunque sean versiones limitadas.

Donde puedes encontrar un programa de atmel ? En atmel.
Busca Atmel Studio 6.2 en google y ahi lo encontraras.
Comenzar a usarlo requiere de alguna paciencia y de bajar un add in relacionado con Arduino que facilita las cosas.

Ok gracias. Hay algún tutorial de como hacer que compile los ficheros de arduino el Studio de Atmel?
A ser posible en castellano. que en ingles me entero pero menos.

Hice lo que me dijisteis e instale el Atmel Studio, y ahora ya hago lo que necesito pero...
Mi antivirus detecta 45 virus en el Atmel y es bajado de la pagina de Atmel.
Como es posible eso?
Si bloqueo esos ficheros con el firewall ya no va el Atmel Studio.

que antivirus. no tiene virus
Lo bajaste de la página de Atmel? Si es asi , dile al AV que no tiene Virus y exceptúa toda la carpeta.

Es el antivirus de ONO. Lo uso siempre que instalo algo nuevo lo baje de donde lo baje.
Si esta bajado de la pagina de Atmel directamente. Se lo he comunicado a Atmel a ver que me dicen.

Jaja ONO quien es ONO? Ahhh tu proveedor de internet!!

Amigo este es un foro internacional imagina que yo te diga algo de mi ciudad en Comodoro Rivadavia Chubut Argentina. No entenderias nada?
Si el antivirus de la Sociedad Cooperativa Limitada, traducción McAffe. Aclaro, ese es mi proveedor de Internet.

Bien, en tu caso tambien es McAffee.
Bueno dile a McAfee que esta paranoico.

como ya te dije, exceptua toda la carpeta o bien deshabilita el AV para poder instalarlo.
No tiene virus. Son programas probados.

Te envié un mensaje privado con una posible solucion o ayuda.
Me respondes si te parece bien, sino seguimos intentando por esta vía.
Para los demás que se preguntarán que, le ofrecía via remota corregir el problema.

Hice que el antivirus borre todos los ficheros supuestamente infectados y el compilador sigue funcionando bien asi que ya no tengo problemas.
No se si es McAfee, desde luego es el que suministra el distribuidor de internet y prefiero que sea paranoico a que se me cuele un virus.
Mil gracias de todas formas.

Ahora dime, esta funcionando Atmel Studio?
Pudiste crear algo aunque sea un ejemplo?

Aca la referencia de Atmel Studio a los virus
baja el file y busca virus

Si funciona perfectamente gracias. Ya no tengo problema alguno y el antivirus no dice que tenga nada el PC.
Todo perfecto, gracias por la ayuda.