debugging de codigo

Hola,
Estaba implementando una señal PWM sobre una salida digital normal haciendo mi propio codigo. De momento medio funciona pero tengo algunos problemas que no se solucionar. No se que esta pasando con los valores de las variables que uso. ¿Existe algun metodo para ver los registros o esas variables con el soft? De momento hago un serial.print y me las saco con el monitor de USB pero seguro que debe existir otra forma.
Saludos

yo uso la forma que tu comentas, a traves del monitor serial, y me resulta muy util.

Siempre puedes usar AVR Studio + AVR Dragon y tendrás el control total del Arduino.

Arduino no tiene nada implementado de debugging, por lo que solo queda la alternativa de sacar por puerto serie

Un saludo