¿Cual será la velocidad máxima de giro el motor? Lo digo para que calcules la frecuencia máxima esperada.
Ejemplo, 200 rpm= 200*1024/60 aprox 3.5 KHz, que no es mucho....
Como curiosidad, me he mirado el datasheet del micro para saber lo máximo que podría "ver" el timer1 (16 bits), funcionando cómo contador:
"The external clock must be guaranteed to have less than half the system clock frequency (fExtClk < fclk_I/O/2) given a 50/50% duty cycle. Since the edge detector uses sampling, the maximum frequency of an external clock it can detect is half the sampling frequency (Nyquist sampling theorem). However, due to variation of the system clock frequency and duty cycle caused by Oscillator source (crystal, resonator, and capacitors) tolerances, it is recommended that maximum frequency of an external clock source is less than fclk_I/O/2.5.."
Aunque claro, luego tu código tiene que "procesarlo".
También puedes dividir la frecuencia antes que llegue al micro, pero bueno, lo suyo primero es saber cual es la frecuencia máxima que tendrá tu sistema....