Non mi sono reso conto che parlavi del diodo di protezione in ingresso, ho ragionato sul diodo per Vusb, quel diodo si può eliminare utilizzando un regolatore protetto contro le inversioni di polarità, quasi tutti quelli moderni lo sono, p.e. LM2937, certo che finché vi ostinate ad usare dei dinosauri come regolatori allora si che sono problemi 
Se contemporaneamente l'USB e VIN sono collegati? Non si crea un corto dannoso tramite i diodi integrati nei mosfet? Sono un pò arrugginito di MOS, magari senti anche gli altri cosa ne pensano di questa cosa.
Solo se la sorgente di tensione più alta è collegata all'anodo del diodo parassita del mosfet
se parlate del simbolo diodo visibile nei due mosfet temo che il problema si verifichi in ogni caso, ognuna delle due sorgenti è collegata al proprio "anodo" quindi ci sarà sempre una condizione in cui la tensione più alta si trovi collegata all'anodo del diodo del proprio mosfet. Che ne dite?
Guardate bene lo schema dell'arduino uno o 2009, il principio di fondo è lo stesso.
Inizialmente la mancanza del diodo nel simbolo del mosfet mi ha tratto in inganno... pensavo che il mosfet veniva usato come un interruttore on/off per l'alimentazione.
Dopo un'attenta analisi però ho notato che la sorgente di alimentazione (usb) non è collegata al source del mosfet ma al drain.
In sostanza viene usato il mosfet come diodo, non come interruttore; il vantaggio di questo collegamento comporta l'assenza di caduta di tensione che avremmo avuto usando un diodo.
La tensione dall'usb riesce comunque a finire sul pin 5V: anche se il mosfet è interdetto qualcosina passa ugualmente attraverso il diodo interno del mosfet.
Se alimentiamo attraverso il jack il diodo impedisce un ritorno di corrente verso la usb, cosa che non sarebbe avvenuta qualora avessimo collegato la usb al source del mosfet.
Tornando al mio schema il secondo mosfet che ho inserito sul regolatore segue lo stesso principio, serve più che altro a proteggere il regolatore di tensione quando alimento soltanto con la usb, cosa che non avviene sugli arduino.
Se prendete un arduino e lo alimentate soltanto attraverso la porta usb potrete vedere con il tester che sui pin del regolatore e sul pin VIN arriva tensione.
Tra poco inizio a fare dei test sul campo, come ben sapete dopo gli studi mi piace fare pratica 8)
BUD, hai realizzato una board FT232+mega1284? 
Fuochino, c'è un MCP2200 
pelletta:
Fuochino, c'è un MCP2200
aaah, il "mio" MCP2200, complimentissimi, bel lavoro!!!
"CherubINO"? 
Già, nome biblico
Ho avuto una esperienza negativa con il MCP2200, in tutte le schedine che avevo montato qualche volta non veniva riconosciuto dal driver sul PC , non ho mai approfondito il problema , forse qualche parametro di impostazione errato, siccome il PL2303 costava meno da allora ho usato sempre quello, di buono l'MCP2200 essendo SOIC si salda più facilmente sul prototipo
Io ho scoperto questo MCP2200 grazie ad un suggerimento di Astro, dopo averlo studiato per bene (soprattutto la parte della programmazione dei parametri) ho fatto uno schedino smd in casa e tuttora funziona; poi ho realizzato una cosetta un po' più professionale e l'ho pubblicata su Elettronica In, prevedendo (con un escamotage) la possibilità dell'alimentazione (da target) a 3,3V. Proprio una settimana fa ad un certo punto non veniva più riconosciuto dal sistema (ma di colpo e non ne ha voluto più sapere), ho dovuto sostituire il quarzo ed è andato di nuovo a meraviglia.
Con gli MCP2200, più in generale con tutti i dispositivi simile, se c'è un problema con il quarzo non funzionano, molto importante utilizzare quarzi di buona qualità, no roba cineseria, con le corrette capacità di carico altrimenti è possibile incorrere in funzionamenti a singhiozzo e/o blocchi totali.
Buono a sapersi, dovrei ancora avere di quelle schede con MCP2200, appena posso le riprenderò in mano per verificare la cosa, grazie.
Allego le maschere per la configurazione, naturalmente si possono cambiare a piacimento le modalità di funzionamento dei LED, il resto conviene lasciarlo così, almeno a me non ha mai dato un problema.
Da sinistra a destra:
configurazione originale del chip
configurazione consigliata
messaggi ottenuti avviando la configurazione
Sì , la configurazione va bene, deve essere proprio il discorso del quarzo come dite voi perchè a volte proprio la usb si bloccava