Ya esta solucionado y esto es lo que mas me jo***.... han sido dos fallos! el primero de codigo y el segundo es que el STK500 los indicadores led los tiene al reves positivo comun (nunca los use), y el fallo de codigo es que como he estado probando siempre con el mismo arduino, ya tenia dos datos guardados en la EEPROM, entonces siempre inicia a la primera y al conectarle otro arduino uno programarle el codigo y ver que no inicia me he mosqueado mas y lo he mirado de nuevo y hay estaba esa linea
secuencia1 = 1;
secuencia2 = 3;
//secuencia1 = EEPROM.read(1);
//secuencia2 = EEPROM.read(2);
la he comentado y puesto a mano y tema solucionado ya arranca bien, asi que luego la quitare de nuevo para que lea los datos de la memoria cuando le lleguen por serie.
Lamento mucho la perdida de tiempo de los dos usuarios que ha contestado, todo por culpa mia de no ver bien el codigo (lo vi ayer por la noche 2AM desesperado y pense que lo tenia bien....) 
Yo creo que lo tengo solucionado.