El circuito real del encendido es este
cuando el ruptor esta cerrado ( estado normal) en los puntos A-B tienes 12 V
Cuando el sistema necesita encender la chispa se abre el ruptor y por un instante tienes 0 V entre los puntos A-B , pero al producirse una caída de tensión en el primario , se produce una corriente inducida en el secundario ( alta tensión), hasta que supera el potencial de aislamiento de la bujía y esta se descarga. Luego se produce el cierre del ruptor y el sistema regresa a 12 V
La forma de la tensión es
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En el dibujo, donde dice cerrado-abierto , esta invertido porque el diagrama corresponde a una bobina donde los pulsos se generan por el cierre del ruptor, pero no hace diferencia a la forma del gráfico.
El diagrama que pusiste en el primer posts esta pensado en detectar el cambio de 12 a 0 V y filtrar el pico con el diodo invertido y el capacitor. Cuando reemplazas el diodo común por el zener, que permite corrientes inversas cuando se supera un valor de tensión, dejas pasar la corriente de pico a tu sistema de medición. Por eso tienes mas señales y no te da el valor correcto en las mediciones de RPM,y a altas RPM puedes tener valores muy altos de tensión sobre el diodo emisor del optoaclopador (dependiendo del capacitor) .