Lies Dich mal in PinChangeInterrupts am MEGA ein, da hast Du mehr Interrupts.
Aber ein Mega reicht für 24 Pins nicht. Du solltest dann 2 Prozessoren z.B. über I2C koppeln.
Gruß Tommy
Edit: Wodurch werden Deine Impulse ausgelöst? Kontakt oder Elektronik? Bei Kontakten musst Du entprellen. Um welche Impulsabstände geht es?