Funcionar funciona igual pero si tienes el criterio de hacerlo correctamente.
Cuando conectas un transitor NPN con la base a través de una Resistencia a un pin del Arduino y en el colector conectas el motor ademas del diodo en antiparalelo y el Emisor del NPN a GND es la situación mas común.
Es este esquema el que acabo de describir. A esto se lo llama Emisor comun porque la entrada y salida comparten al emisor conectado a GND o sea masa.
En este caso un HIGH en el pin del Arduino hace que el motor funcione porque emisor y colector se cierran como si fuera un rele (salvando a distancia, pero la analogía sirve).
Ahora tienen la otra situacion. La que se llama Colector Común
Acá la situacion es otra pero terminan funcionando igual.
Con HIGH en el PIN el transistor conduce y el motor gira.
El esquema no lo tiene pero debe llevar el diodo en antiparalelo con el motor.