Das ist richtig, bei FlipFlops hört die Umsetzung auf. Ich selbst hatte in den 60er Jahren ganz ähnliche Probleme, wie man nämllich 2 Zähler zusammenzählt. Daß ein Dezimalzähler aus 4 irgendwie rückgekoppelten Flipflops besteht, das hatte ich damals schon, aber wie ich dann z.B. eine 4 im einen Zähler zun Inhalt eines anderen Zählers addieren sollte, dazu fielen mir nur 4 Impulse ein, die ich aus dem ersten Zähler herauskitzeln mußte. Auf die Schaltungen von Halb- oder Voll-Addierern bin ich erst gekommen, als es die als TTL IC zu kaufen und auch mit Schaltbild gab. Und wenn man die auch noch verstanden hat, dann muß man sich gleich wieder davon verabschieden, weil es das alles und noch viel mehr schon in Mikroprozessoren und in den "richtigen" Computern fertig eingebaut gibt.
Im Informatik-Studium war ich zunächst der große Crack, weil ich kombinatorische (nur Gatter) und sequentielle (mit FlipFlops) Netzwerke schon längst kannte, und nur die Theorie dazu neu war. Ählich hast Du mit der Folgematrix so etwas wie einen endlichen Automaten (state machine) erfunden. Damit gehören wir wohl zu den verkannten Genies, die vom Fortschritt gnadenlos überrollt wurden 
Bei Deinem jetzugen Problem hilft Dir Dein elektronisches Wissen immerhin, die Verarbeitung der beiden Eingangssignale (z.B. als Takt und Richtung) in einem Programm nachzuverfolgen. Ein möglicher Ansatz besteht ja aus einer (Folge)Matrix, die 0, +1 oder -1 ausgibt, die dann zum Positiionszähler addiert werden nüssen. Den Zähler und die Addition gibt es dann schon, im Code, etwa als
Position += Matrix[Takt, Richtung];