Che si accende arduino quando Q3 è in conduzione, ovviamente si accenderà il led perché al suo anodo c'è una tensione prossima a 12V.
Il Source di Q2 (quello con la freccia) è a GND attraverso la resistenza VIN÷GND. Ora però il Drain di Q2 si guasterebbe se alimentato all'inverso, ma per "fortuna" c'è il diodo che conduce e la giunzione di Q2 è salva.
In sostanza quel diodo solitamente risolve tutti i problemi quando il mos è aperto e il carico è induttivo, ma in questo caso fa il guasta feste. 
Ciao.