Ich hatte ein ähnliches Problem zwischenzeitig mit meinen Pro Micros (Funktionsweise identisch mit den Leonardo). Ich habe die Lösung aber nicht mehr im Kopf, konnte es aber lösen.
Tritt bei dir das auch auf, dass wenn du ihn einsteckst, dieser dann im Geräte Manager angezeigt wird (Leonardo Bootloader o.ä.)? Erst danach hat sich meiner dann als Unbekanntes Gerät zu erkennen gegeben. Lösung war unteranderem, dem Leonardo mit dem Blink Sketch direkt nach dem Einstecken zu bespielen.
Falls der COM Port (lässt sich vermutlich nicht so einstellen in der IDE) nicht passt, die Preferences.txt mit einem Editor öffnen und den COM Port ändern. Versuche das. Das muss nicht auf anhieb klappen.
Andernfalls müsstest du etwas warten, dann schau ich nachher mal, ob ich den Fehler selber noch einmal produzieren kann. Vielleicht hat in der Zwischenzeit ein anderer noch eine Idee.
Der Port ist in der Preferences.txt korrekt. Ich versuche nun schon seit geraumer Zeit den passenden Zeitpunkt zu finden, damit ich ein leeren Sketch (also nur mit setup und loop) hochladen kann. Auch mit dem Deinstallieren des "Unbekannten USB-Geräts" klappt es (noch) nicht...
Es muss doch eine Möglichkeit geben?!
EDIT: Nach unzähligen Versuchen hat es nun geklappt! Ich meine, dass es das Zusammenspiel zwischen Reset, Hochladen und Deinstallieren war...
Deinstallieren dürfe unnötig dafür gewesen sein. Auf das Timing kommt es halt an, dass der Sketch rechtzeitig drauf kommt, ehe die Verbindung wieder cancelt. Freut mich, dass dein Leonardo wieder fluppt.
Da der ATmega32U4 auf dem Leonardo die USB Schnittstelle verwaltet und Deinen Sketch ausführt kann es passieren wenn der Sketch den Controller blockiert daß auch die USB-Schnittstelle blockiert ist und der PC nach dem beenden des Bootloaders vom PC nicht mehr erkannt wird ( nicht mehr antwortet).
Lösungswege:
mitels ISP Programmierer den Bootloader neu Draufladen. dabei wird er Sketch gelöscht. ein Arduino UNO oder MEGA kann auch als ISP Programmierer verwendet werden http://arduino.cc/en/Tutorial/ArduinoISP.
Falls der COM-Port in der IDE noch eingestellt den Blink-sketch laden und auf dem Leonardo den Resetknopf halten, Upload starten und sobald nach dem Kompilieren der Upload beginnt den Resetknopf loslassen. Nach mehreren Versuchen kannst du es schaffen.