Consulta Esquema y PCB ATMEGA328P-AU

Buenas, es la primera vez que diseño una pcb y tengo varias dudas, así que me gustaría que me pudieseis aconsejar y decirme si veis algún error o cosa mejorable, la idea es utilizar el servicio de montaje SMT de JLCPCB y el programa es el de EasyEDA.

El ATMEGA que estoy utilizando, y para alimentar todo estoy utilizando una 18650 conectada a un modulo como este, que se cargaría a través del usb C que se puede ver en la esquina de la placa.

Mi primera duda tiene que ver con los condensadores que van conectados al ATMEGA, entiendo más o menos cual es su función, pero en los esquemas que he visto están cada uno conectados entre un VCC y GND distintos, es esto necesario o se pueden conectar todos entre si y luego ya conectar a los VCC y GND, (Exceptuando el de AVCC que entiendo que tiene que ir separado, aunque corregirme si me equivoco).

La siguiente es a la hora de cargar el programa, con los pines como están conectados al conector ICSP seria cargar el bootloader y luego el programa a través de un Arduino UNO, no haría falta ningún componente más?

Muchas gracias de antemano y si he puesto algo mal o me falta algo en este post decídmelo por favor y lo corrijo.

Hola, estoy haciendo lo mismo que hiciste tu en su momento. ¿Te funciono al final?

Lo de distintos puede resultar engañoso.
En realidad lo que se suele hacer es poner los capacitores de desacople 0.1uF de calidad entre bornes de Vcc y Gnd principales del AVR (Atmega328) y de cuanto circuito este en uso en tu PCB.
Lo que veo me parece que estan bien.

AVCC es la referencia de tensión para la parte analógica y si, va aparte.

Buenas, no lo he llegado a probar aún por falta de tiempo, pero por lo que dice @Surbyte debería funcionar, lo único que en ese momento no se si tuve en cuenta que la alimentación que puse no estaba bien, por que lo alimentaba directamente del cargador de la batería que creo que no da 5V, ahora lo alimento por un regulador a 3.3V pero hay que cambiar el cristal por uno de 8MHz según he leído.

No. El cristal puede ser el que gustes pero recuerda que todo esta pensado en general para cristales de 16Mhz. SI lo cambias debes cambiar la sentencia del compilador que le informe que está a otra frecuencia.
Mira en preferencias como estan definidos los distintos AVRs.

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