Si j'ai bien compris ton projet, ca serait plus Appli-Serveur + Appli-Arduino, l'arduino n'est pas à l'initiative de la communication avec le serveur.
Je pensais que tu comptais utiliser la carte SD de ton shield, si ce n'est pas le cas, tu va être vite confronté à la remarque de @fdufnews sur la mémoire de ton Arduino.
Quel taille font tes fichiers ?