Pin 0-1 Arduino con ATMega stand alone

Buongiorno a tutti, sono nuovo del forum perché finora ho sempre trovato tutte le risposte alle mie domande. So che l'argomento è trito e ritrito ma la mia inesperienza mi ho portato a un punto di non ritorno. Sto sviluppando il sistema di controllo di un amplificatore e la mia idea è quella di programmare l'ATMega con Arduino, poi staccare il microcontrollore e metterlo in autonomia su un circuito stampato appositamente, di cui abbiamo già realizzato il master.
Durante il disegno però, dovendo poi usare ATMega stand-alone (Arduino è solo un mezzo transitorio per la programmazione e i test), ho utilizzato i pin 2 e 3 del controllore (porte 0 e e 1 di Arduino) come fossero pin digitali normali ma ovviamente come noto durante i test non le riesco a scrivere.
Esiste un modo per poterli utilizzare normalmente al di fuori di Arduino anche se sconsigliato? Ora io sono collegato in USB-Seriale dunque confliggono ma é possibile caricare in qualche altro modo lo sketch e che poi una volta staccato il micro funzionino normalmente?
Grazie a tutti in anticipo per l'aiuto!

Certo, puoi programmare Arduino o solo l'ATmega con l'ICSP, googal e troverai di tutto e di più. Ovviamente non dovrai utilizzare la seriale nel tuo progetto, e nemmeno inizializzarla.

Per curiosità: ma gli altri pin sono tutti occupati?

Grazie mille! provo a vedere programmando Arduino con l'ICSP.
Sì purtroppo gli altri, a parte gli analog che però non possono essere usati come output, sono tutti occupati

Monsterfi:
Sì purtroppo gli altri, a parte gli analog che però non possono essere usati come output, sono tutti occupati

Ti sbagli: i pin analogici possono funzionare al 100% anche come pin digitali, basta usare digitalWrite()/digitalRead().

Grazie! Proverò entrambe le soluzioni