Qui protège de quoi?
L'arduino va commander un contrôleur de moteur c'est lui qui va fournir la puissance, c'est lui qui est à risque. Il faut le choisir correctement dimensionné pour le besoin et en fonction du type de moteur utilisé.
Le conseil que l'on donne généralement, c'est de séparer les alimentations pour éviter de perturber l'alimentation de l'Arduino à cause des appels de courant qui peuvent se produire lorsque le moteur démarre par exemple.
Et comme toujours vérifier et revérifier son câblage avant de brancher.